Nama desa mertoyudan berasal dari kata “merto” yang berarti menang dan “yudho/yudan” yang berarti perang.
Pada jaman dulu ada seorang tokoh yang hidup pada masa kerajaan mataram yang bernama prajoko yang merupakan putra dari adipati pucang kembar, setelah dewasa prajoko mengabdi menjadi prajurit mataram. sebagai prajurit, prajoko diberi tugas oleh raja mataram untuk meredamkan gejolak/pemberontakan masyarakat diwilayah sekitar gunung tidar magelang.
Prajoko berhasil memadamkan gejolak/pemberontakan masyarakat di sekitar gunung tidar dan atas keberhasilannya prajoko diberi gelar tumenggung mertoyudo dan wilayah yang menjadi posko pasukan tumenggung mertoyudo diberi nama mertoyudan
Adapun kepala desa yang pernah menjabat yang terdata adalah sebagai berikut:
- kepala desa i : joyowikarto tahun 1931 s/d 1964
- kepala desa ii : bonowiyoto tahun 1965 s/d 1966
- kepala desa iii : citro soedarmo tahun 1967 s/d 1972
- kepala desa iv : m. ratmoko tahun 1974 s/d 1998
- kepala desa v : suwadji tahun 1999 s/d 2007
- kepala desa vi : eko sungkono, s.ip tahun 2007 s/d 2013
- kepala desa vii : riyadi lehar supoyo tahun 2014 s/d 2020
- kepala desa viii : eko sungkono s.ip tahun 2020 s/d 2026
Berdasarkan kesaksian dari bapak m. ratmoko, pada jaman penjajahan belanda sebelum tahun 1931 wilayah desa mertoyudan dibagi menjadi 3 (tiga) bagian, yaitu:
- Bapak lurah timbul (mantenan) membawahi dusun prajenan, mantenan, banyakan dan mangunan.
- Bapak lurah sodikromo (soka) membawahi dusun soka, mertoyudan, salakan, dan kedung karang.
- Bapak lurah guno membawahi dusun dampit, kedungdowo, kalimalang dan bandung kalisari.
